評価については、項目ごとに可能な限り客観性に留意した評価基準を設定し、これに基づいて各国の取組や動向を採点した。本事業の研究委員会は、各国のパフォーマンスを採点する難しさ、限界及びリスクを認識しつつ、優先課題や緊急性についての議論を促すべく核問題への関心を高めるために、そうしたアプローチが有益であると考えた。

各具体的措置には、それぞれの分野（核軍縮、核不拡散、核セキュリティ）内での重要性を反映して、異なる配点がなされた。この「重要性」の程度は、本事業の研究委員会による検討を通じて決定された。他方、それぞれの分野に与えられた「最高評点」の程度は、他の分野との相対的な重要性の軽重を意味するものではない。つまり、核軍縮（最高評点109点）は、核不拡散（最高評点61点）あるいは核セキュリティ（最高評点38点）の2倍程度重要だと研究委員会が考えているわけではない。

「核兵器の保有数」（核軍縮）及び「兵器利用可能な核分裂性物質の保有量」（核セキュリティ）については、より多くの核兵器、または兵器利用可能な核分裂性物質を保有する国は、その削減あるいはセキュリティ確保により大きな責任があるとの考えにより、多く保有するほどマイナスの評価とした。研究委員会は、「数」あるいは「量」が唯一の決定的な要因ではなく、核軍縮、核不拡散及び核セキュリティにはミサイル防衛、生物・化学兵器、あるいは通常兵器の不均衡などといった他の要因も影響を与えることを十分に認識している。しかしながら、そうした要因は、客観的（無論、相対的なものではあるが）な評価基準の設定が難しいこともあり、これらを評価項目には加えなかった。また、『ひろしまレポート2013年版』に対して寄せられた意見を受け、『ひろしまレポート2014年版』からは、国家安全保障面での核兵器への依存、及び核実験の実施に関しては、その程度によってマイナスの評価を行うこととしている。なお、『ひろしまレポート2018年版』より、TPNWの署名開放を受けてこれへの署名・批准状況を新たに評価項目に加えた。また、『ひろしまレポート2019年版』より、広島だけでなく長崎の平和記念式典への出席状況を評価項目に加えた（当該項目の最高評点は変化なし）。『ひろしまレポート2020年版』より、核兵器保有数が増加している場合、並びに評価項目ではカバーされないものの核軍縮及び核不拡散に明らかに逆行する行動が見られる場合については、それぞれマイナスの評価を行うこととした。『ひろしまレポート2021年版』より、核不拡散及び核セキュリティに関する取組の進展などを考慮して、一部の評価項目に関して評点基準に若干の変更を加えた。

『ひろしまレポート2023年版』では、核問題を取り巻く新たな動向や2022年NPT運用検討会議及びTPNW第1回締約国会議の開催などを踏まえ、状況の変化を反映させるべく評価項目及び評価基準の見直しを行った（変更点は第2部「評価書」に記載する）。

『ひろしまレポート2024年版』では、被害者援助・環境修復に関して、国連総会決議の投票行動を、また核保有国によるIAEA保障措置の実施に関して、すべての民生用原子力施設を査察の対象に指定しているか否かを、それぞれ評価基準に加えた。